薬歴印刷をする場合は、同じ番号で一人の患者さんデータとする方が便利かと思います。

ただ、Ｄｏ処方する際、頭書きの保険データを引っ張ってきますので、自費のケースは毎回患者データの変更をする必要が生じます。

２つに分ければ、その面倒はなくなりますが、薬歴を続けて印字したい場合は切り替えごとに行番号を修正入力しなければいけません。

どちらを選ぶかはケースバイケースと思います。