こんにちは。
電子処方箋を受け付け始め１年くらい経ちます。
当店の流れを書いてみます。
参考になれば嬉しいです。

患者様が引換番号を持って来客されます（FAXの場合も）
既存のお客様の場合はお客様を呼び出します
（マイナカードの場合は勝手にお客様を呼び出してくれますよね）
そこで「新規受付」→「処方取込」と進み、番号を入力する

新規の方は登録からになりますが、後は同様の手順です。

質問にあるように「電位処方箋」は開いておかなくても大丈夫かと思います。
ここは今どういう状態にあるのかが一覧で見えるようになっています。
お薬をお渡し終えたら、その都度患者様の該当処方のページで「結果登録」をして終了しています。

これでパーフェクトなのかはわかりませんが、
この手順で問題なくこれまでやってきています。
参考までに投稿させていただきます。