ゴウさん、こんにちは。

マニュアル、「月遅れ請求をする方法」の

5.保存用のフォルダーを作成

で「「月遅れ」のフォルダーを作成」とありますが、

「月遅れ（国保）」と「月遅れ（社保）」のホルダーを作ってそれぞれに保存してください。
国保・社保、同じファイル名になってしまいますので、保存する場所を別にします。

後は普通にレセプトを送れば良いと思います。