大塚さん、こんにちは。

現在のところ残念ながらＲＰＰＭＡＮで２つの公費に上限額がある場合、通常処方入力画面からは入力出来る仕様になっていません。
レセプトを作成したのちにエディターで修正することになると思います。

どのように計算するのかお分かりでしたら、お示しいただけると助かります。