お世話になっております。

補助金返納の件ですが、全ての省庁が行う補助事業は、補助金適正化法の適用を受けて実施されるはずで、同法に違反した場合は罰則も課せられるようです。
厚生労働省も様々な補助事業を実施しており、補助事業で取得した建物、機械、備品等について処分制限期間を設けており、そのＵＲＬを下に記しました。
https://www.mhlw.go.jp/web/t_doc?dataId=27ab0076&dataType=0&pageNo=1
なお、昨年の新型コロナ感染対策補助事業も、都道府県を介した間接補助でしたが、同様の扱いだと思われます。
制限期間内に処分する場合は、国にその旨の申請を行って、指示に従うことになると思われますが、廃棄する場合は、使用期間に応じた減価償却を行って、その残存価格を返納することが予想されます。

ところで、厚労省の最近の説明では、オンライン顔認証システムの整備を療養担当規則に取り込み、規則に違反している場合は、保険医療機関の指定から外すことになるようです。
指定を取り消されたら、患者さんに申し訳ないことになるので、当薬局として返納を覚悟で、やむなくシステムを導入しようか、と考えています。