>> カードリーダーの申し込みを行うの際、調剤システムの導入の欄の選択があります。。。
>>
こちらですが、「導入している」で良いと思います。

この問いの意図としては、オンライン資格確認サービスで将来（半年くらい先？）薬剤情報の参照もできるようになりますが、その場合、レセコンなどの調剤システムが必須なため、その確認だと思います。

まだ、詳細な仕様が出されていないのですが、正式にサービスが提供されるまでにはRPPMAN側で対応は完了させる予定です。