TSさん、情報ありがとうございます。

いろいろ試してみまして判明したことは、

剤が同じ処方内容は一つにまとめられ、コメントは一番上に入力されたものが反映する。

でした。

例示されたケースでは「カルタン、分３毎食直後」「ビーマス、毎食後」「リオナ、毎食後」はレセプト上では「カルタン、ビーマス、リオナ、毎食後」とまとめられます。
このケースで、レセプトに反映されるのは「カタリン、分３毎食直後」の欄に入力されたものとなる、ということです。

うちでは、剤をまとめて入力しているので、今まで気づきませんでした。

今回のケースの場合は、「リオナ」を一番上に配置すればCO行に反映されるようです。

ただ、どちらにしろ３つの薬品は「毎食後」の欄にまとめられてしまいますので、コメントとしては「カルタン、食直後、リオナ、朝１錠・昼２錠・夕２錠」のように書かないとその部分だけ見てもどの薬品に対してのコメントなのかわからないレセプトとなってしまいます。