金魚です

＞1枚の処方箋で52公費対象と52公費非対象が混在する場合(このようなケースがなかったらごめんなさい)、"52公費適用外"をチェック/チェックオフで対応することになりますが、この場合意図した動作をするのでしょうか？

この組み合わせは普通にありますよ。特定疾患＋目薬、風邪薬、湿布など

公費の優先順位を言っておられたようですが、特定疾患＞地方公費ですね。
第１公費欄（処方せんの左肩）に特定疾患の公費を記入して、処方せん右下に第２公費を記入して在るのがオーソドックスではないでしょうか。

それとどうしても上手くいかない場合は、別にその公費だけの物を作り云々書きましたが
今月当方でその方法で対応した例が一例ありました。

上手く切り分けが出来ておらず、公費の欄に本来記入されるべきでは無い数字が入っておりどうしても消えなかったので、切り分けて請求しました。
色々ありますので、保険制度の勉強しておかないと、？？？な事出てきます。

皆さんもお気づきの点ありましたら、その時はこうだよと教えてくださいね！