私は、Windowds7上にRPPMANを載せてATOK2013を使っていますが、特に問題は生じていません。
ただ、Windows10とATOKは相性が良くないと聞いており、もうすぐ７のサポートが終わるようですので、どうしたものかと思っています。
MS-IMEと比べると。特に地名や人名等の漢字変換能力は圧倒的にATOKが優れており、今さらMS-IMEを使う気にもなれず、やむなくWORDを使う場合もATOKで入力しています。
なお、Windows10がリリースされたころ、Windows7から10にアップグレードした場合のATOKの不具合の解消法として、一旦ATOKをアンインストールした後に再インストールする方法がジャストシステムのＨＰに掲載されており、別のＰＣで実行したところ改善されました。
ご投稿の問題がATOKとRPPMANとの相性が悪いのか、或いはWindows10上の問題なのか、他のATOK使いの方々の状況をお聞きしたいと思います。