在庫数の合わせ方ですが、

＞在庫を合わせるために重ねて入庫しても良いでしょうか？
重ねて入庫しても大丈夫です。
在庫入力の画面にて、右上のカレンダーで入庫日を指定してから入庫数で調整できます。
在庫数を減らす場合は、-入庫数　としてマイナスを付けて入力して下さい。

＞それとも入出庫データからH31.05.01のデータをけすことができますか
アクセスを使用すれば直接編集（消す）することができます。