K@Kさん、こんばんは。

当方で入力してみましたが、イ・ロ・ハに８６・７８・４７点がつき、ホは０点となります。

イの１日１回朝食後とホの１日１回朝食後が入力時に違う段になっていないでしょうか？
「用法設定」でカスタマイズしていたものを修正後、Ｄｏ処方で修正以前のものを持ってきてしまい、そこに追加したりすると、見た目同じ「１日１回朝食後」でも異なる用法と認識してしまいます。