薬学管理料の種別が特例のものになってしまっているようですので、基本設定を確認してもらえませんでしょうか。

問題のコードは基本設定の薬学管理料の行の「特例」にチェックが入っているときに使われるものとなっています。

よって、
・「特例」にチェックが入っているのであれば、勝手にチェックが入ってしまう問題
・「特例」にチェックが入っていないのであれば、指定していないのに関わらず特例のものが使用されてしまう問題
として調査を進めます。