後発品体制加算が出来た、始めのころの「Ｑ＆Ａ」で

健康保険法、国民健康保険法および後期高齢者医療制度に係る処方箋のみ（これらとの公費併用を含む）が対象

とあります。
特に変更されていませんので、公費単独の処方せんは計算から省くようになっています。