ちょっと理解できました。

５４公費の場合、１円単位まで求められるので、「自動」で計算していると１円単位の一部負担金がデータとして収納されます。
今回、「２７６８点」であったため、「２７６８円」が自動的に計算され、データとして残った形です（処方入力画面上は「２７７０円）。
この時点で、上限額が超えていれば、問題は生じなかったと思われますが、次の医療機関で上限に達したため、ＲＰＰＭＡＮのデータ上では上限額５０００円で（１０５０＋２７６８＋１１８０＝４９９８）と認識され、「２円」がデータとして出てしまったものと思います。
上限額管理で、他の医療機関からは１０円単位の数字で来るため、生じる事象です。

ですので、対処法としては、上限額を超えた医療機関の負担金額で辻褄を合わせる数字を入力する必要がありますね（なんか変ですが）。