> この方法ですと同じ薬歴簿に保険調剤と自費調剤が混在することになりませんか？

同じ薬歴簿に載せるためにこの方法を使っています。
別々にした方が良いとは私は聞いた覚えがありませんのでこうしています。

以前は、同じ人に保険調剤用データと別に自費用の保険番号などを入力しないデータを作って（当然患者番号が異なる）いました。
こちらの場合に同じ薬歴簿に印字しようとすると行番号を都度変更しなければなりません。
逆に患者番号を一つにするには都度データを変更する必要が生じます。

別の薬歴簿にして同じファイルに綴じる方が簡単かと思いますが、時系列が判り難くなります。