他の地域の方はこのようなケースの場合、患者負担金額を計算し手入力で入力されているということですね。(他の地域にこのような制度があるのか知りませんが…)

どのようなレセプトを求めているかというのはレセプトの提出方法でしょうか？
提出方法でしたら、下記リンクの助成金請求書(第3号様式(第3条関係))を作成し、紙ベースで大垣市役所に提出しています。

http://www2.city.ogaki.lg.jp/reiki_int/reiki_honbun/i303RG00000326.html