該当患者さんの処方せん編集画面で、画面下段の保険公費ボタン押下→画面左下の患者マスタから読み込み押下で修正した患者情報で保存後、再度電子レセプトを出力して上書きしたcsvファイルにも特記事項は記載されていないでしょうか？

患者情報を修正前に入力した処方内容は、修正前の患者情報に紐付けされているので、YASUDAさんがおっしゃるようなことが起こるのではないかと推察しています。