＠金魚です

上手く説明できるか不安ですが、公費の記入方法について教えてください。

患者さん情報
１．小児特定疾患５２
２．医療機関を複数指定。（県外と県内）
３．薬局は当方のみ
４．町独自の小児補助の番号あり

この患者さんの場合２.のうちの県内で受診後、当方に来られる場合と県外の病院を受診後当方に来られる場合があります（同一疾患名でこれはクリア）。
ただその場合、県外で受診された場合は一旦公費の負担金額限度（５０００円）まで病院で支払い受給者証にその金額を記載。当方に来られ調剤後は町の補助があるので支払いなし。
但し又県外の医療機関を受診される場合があるといけないので、公費負担限度額までは支払ったものとして当方で５０００円-病院の支払額-当薬局支払額と記入してます。
県内の医療機関と県外の医療機関を同月内に受診される場合もあるので、県内の病院も同様に支払いは無いけど支払うべき金額を記入してあります。

ＲＰＰＭＡＮに記入する場合、上記の様な流れで全て時系列で記入してますが、レセを作成する場合、当薬局で調剤した分の金額を消して請求してます。支払い基金も電話をかけてくる場合と（患者支払いが無い状態で請求しているが間違いないのか）、全てお判りで何も無い場合があります。

この請求方法で良いのでしょうか？それとも何か上手い記入方法がありますか。
当方の請求金額を削除し忘れる場合もあるのでお尋ねします。