自動になっていないため、手動での入力となります。

処方入力画面で「負担金額（ｆ１０）」クリック、患者負担金額編集画面となります。
本日の「自薬局」にカーソルを合わせ、患者負担金額を手動で入力、登録、ＯＫで出来ます。