「QRコードライブラリの「バイト列を渡すと、必要に応じて分割して生成」する機能を利用しているのですが、分割位置が2バイト文字の1バイト目と2バイト目の間になる場合があり、この場合に読み取れなくなってしまっていました。
このため、プログラム内で文字単位で分割してからQRコードライブラリに渡すように修正を行い、正しく読み取れるようになったことを確認しました。」

と、返事を頂きました。

ただ、再現性が１００％でないバグは原因を探ることが難しいと改めて感じました。
この先も、思いもよらない動作をする可能性は否定できませんので、そのようなケースは積極的に掲示板に書き込みをお願いします。