> 限度額が４４０００円以下の場合は一部負担金の欄にその月の合計金額を書かなくてはいけないのでしょうか（電子レセプトで）。

限度額以下なら高額医療でなく、多数回該当でもない。
普通に保険請求してください。


＞ 要確認になった場合その患者さんだけを削除して、電子レセプトをすることができますか。（後で電子レセプトをやり直して、その患者さんだけ紙レセプトで請求するようにする

できます。
今回の難病で番号も区分も上限もまだの人が何人かいますので削除して未処理です。
3月か4月に紙レセプトで出す予定です。