太田　様

当方は電子媒体請求ですが、請求ファイルの記録形式やファイル構成・ファイル名は共通のようです。
支払基金・国保連合会に送るファイルは、RECEIPTY.CYOというファイルだと思います。
確かに、支払基金が示しているフォーマット仕様では、医療機関名は最大４０バイトとなっていますので、漢字２０文字までしか許されないようです。
医療機関名を簡単に変更するには、ファイルをメモ帳で開いて（開く前に必ずバックアップをとっておく）、メモ帳の置換機能で出来ると思います。（パソコンの能力によって差がありますが、秒単位で完了するはずです。）
※メモ帳での開き方
RECEIPTY.CYOを指定し、右クリックメニューから「プログラムで開く」を選んで表示されるプログラムから「メモ帳」をクリックする。
※置換の方法
メモ帳で開くと、RECEIPTY.CYOの内容が表示される。
メニューバーの編集をクリックして、「置換」をクリックすると、置換という表題の窓が開く。
「検索する文字列」に、行頭にREが付いた行の変更したい医療機関名をコピー＆ペーストし、「置換後の文字列」に短縮した医療機関名を入力して、「次を検索」・「置換して次に」、又は「全て置換」をクリックする。（「全て置換」では数秒で終わると思います。）
注意）医療機関名をコピーする際に、前後のカンマ（，）は絶対に入らないようにして下さい。内容が全く違ったものになってしまいます。