> 医療機関名、医師名ともに半角かなのフリガナはだいじょうぶですが、漢字変換ができない状態で
> 「RPPMANV3は動作を停止しました」と強制終了してしまいます。

WindowsとATOKのバージョンは分かりませんでしょうか？

また、漢字変換についてはMicrosoft IMEでは問題あり／なしのどちらでしょうか？