頂いた情報を元に、

・ 72歳で前期高齢者の患者
・ 72歳で後期高齢者の患者（39で始まる保険者番号）

のそれぞれについて、

「新規受付を作成し、調剤日を改定以前のものに変更」 →
「3月末で廃止となっている医薬品を入力」 →
「その受付をDo処方」

してみたところ、Do処方で新しくできた受付は、
「医薬品に廃止済み警告が付き、薬剤料が計算されていない状態」
となりましたが、内部エラーは発生しませんでした。（現象は再現しませんでした。）

また、その後に、
・ 廃止済み警告が出ている医薬品を、廃止されていない医薬品に変更
・ 今日の日付となっている調剤日を、改定以前の日付に変更
を（片方づつ）行なってみましたが、
どちらの方法でも内部エラーは発生せず、
廃止済み警告が解消されて薬剤料が計算されるようになりました。

内部エラーが発生したものについて、「廃止済み医薬品を使用している」以外に
何か思い当たる点などはありませんでしょうか。

以上、よろしくお願いします。