①マスターファイル単独でダウンロードしてRPPMANに装填する方法はありますでしょうか。
→「マスターファイルの更新」ボタンは、「ｙファイル」というものをダウンロード
　して「医薬品マスター」という名前に変えて、RPCALフォルダー内にある「医薬品
　マスター」を自動更新してくれます。

　 http://www.iryohoken.go.jp/shinryohoshu/downloadMenu/

　別機で上記のアドレスに繋ぎ、「医薬品マスター」をクリックすれば「ｙファイル」
　がダウンロードできます。これを「医薬品マスター」と名前を変え、USB等の記憶
　媒体で、本機の「医薬品マスター」を上書きすれば更新できます。
　念のため、旧医薬品マスターを何処かにバックアップしておくとよろしいかと思い
　ます。

　余談ですが、私もRPPMANを動かしている機械は、原則、ネットに繋がないように
しています。しかし、ネットに繋いである機械には最新のRPPMANを入れてあり、バ
ージョンアップの時は、これで動作確認をしてから本機にインストールしています。
　この場合、ネットに繋いである機械の「マスターファイルの更新」ボタンで最新の
「ｙファイル」が「医薬品マスター」として自動更新されます。
　これを本機に移し替えています。

②新しい薬を暫定的に自分で入力する方法はあるのでしょうか。
→残念ながら、この方法での入力は思いつきません。