eko さん、こんばんは。

バージョンアップ出来て良かったです(^^)。

「set up」と「RPPMANｖ３」の使い分けは下記の通りです。

「set up」は、初めて組込む時に使用します。
「.NET Framework」の組込が指示されていますので、ネット環境が必要となります。
バージョンアップにも使えますが、すでに「.NET Framework」が組込まれていても、再度組み込み作業を行なうようになっていますので、時間がかかりますし、ネットとつながっていないとそこで中断されてしまいます。

「RPPMANｖ３」は、バージョンアップ専用です。

ただ、バージョンは最新のものにしてご使用いただくことを前提にしています。
掲示板などでご指摘いただいた不具合だったり、新しい機能の追加だったり、会員情報の更新（この更新だけのバージョンアップのときは当該会員さんだけが対象です）だったり、結構頻繁にバージョンアップしています。
不具合のご報告をいただいたときに、旧バージョンを使用してのご報告ですと、すでに修正されているものかもしれません。それでも確認作業（同じ処方内容を打ち込んだり、同じ動作をしてみたり）などの労力が必要となります。
そのようなことになりませんよう、ご協力のほどよろしくお願い致します。