こんにちは。

、平成23年７月１日以降、医療機関の窓口において、一部負担金を免除した場
合は「免除」と記載すること。（電子レセプトの場合は保険者レコードの「減免区分」に
「2：免除」と記録すること。）


www.mhlw.go.jp/shinsai_jouhou/dl/iryouhoken_sinryo_7.pdf
この事ではないでしょうか。保険者レコードＫＯのところに「減免区分」があり
クリックすると免除がでてきます。確認してみてください。
間違いかもしれません。