長岡さん、金魚さん、こんばんは。
後発医薬品調剤加算は、それぞれ各地の薬剤師国保組合にローカル・ルールがあって取れたり取れなかったりさまざまのようです。
例えば埼玉県では取れますが中四国はダメ、とかです。
http://www.saiyakukokuho.or.jp/s_main_14_02.html
http://www.chushi-yakukokuho.or.jp/mousiawase.htm

余計なお世話かも知れませんが自分のやっている方法は以下の通りです。

「RPPCAL」
　　↓
「recept.mdb」
　　↓
「RPPSTMPHY」

　と開いて行って、使った薬品（yakname欄）の右へ4つ目にある　kouflag欄の「1」を「0」に書き換えれば後発品加算の＜２点＞はなくなります。（レセプトや調剤録にも後発品加算の2点は出ません）