送ったファイルと国保の指摘と照らし合わせて検証するしかないのです。

再計算して出来たファイルに重複がないのでしたら、国保の指摘とこちらの言い分は水掛け論にしかなりません。

送ったファイルと再計算して出来たファイルが同じもので重複がなく、なおかつ国保側では重複エラーが起こっているとすると、考えにくいことですが、電送時に不具合が生じたことになります。そのあたりが検証できないと、答えは出てきません。

再計算で出来たファイルでは、国保からの指摘部分に不具合はないのか、今一度ご確認下さい。