> RPPCALのファイルの中に見慣れないファイルが増えました。取り返しのつかないことを　してしまったのでしょうか？確認はどのようにしたらよいのでしょうか

起動して見ましたか。
ファイルはどのようなものですか。
だめなら、一度Ver3をアンインストールして再度インストールすればいいと
思いますが。
私もウッカリやりましたが、別に問題が無いようです。

ファイル名をアップしてくれれば、比較してあげます。