公費番号の無い公費、という意味が負担金を０円にする、という意味だけでしたら、患者データの一部負担金の割合を０割にすればそのように表示はされます。

ただ、電子レセでどのように請求するのか、によってはＣＳＶデータを修正する必要があると思います。