kaoさん早速のご教示有り難うございました。
１）「当該レセプト種別では特記事項に「０１」（公）は記録できません」の問題ですが、
　(1)間違って、特記事項に「０１ 公」が入っている場合は、編集画面の［保険公費］ボタン→特記事項欄から「−−−−」を選択。

　公費５１（特定疾患）、公費５２（小児特定疾患）の場合のことです。
　ご指摘のように特記事項覧を「−−−−」にすると、調剤報酬明細書から　１公　の文字が消え送信の確認試験では「要確認」の件数はゼロになりました。
　しかし今度は電子レセプトで「特記事項が必要ですが入力されていません」と警告が
でます。

２）平成２１年１月に、国保から事務連絡が来ているはずです。
　法改正に伴い、給付割合が一部変更になった、という内容です。これに対応しているために”割合欄は２割、窓口負担割合は１割”となっています。

　総括表の計算の問題だと思いますので、４月からの算定の為の作業が終わられてからでも、正しく表示されるようにして戴けたらと思います。
　有り難う御座いました。宜しくお願いします。