伊藤　明  さん、こんばんは。

> ①夜間休日加算等を算定した場合「適用が必要ですが入力されてません」とでます。
> 大阪では摘要欄に記載しなくてよいのですが。
> 送信はこの状態でもよいのでしょうか。

問題ないはずです。

> ②インストール済みのV3のホルダーにV2で入力したreceptファイルをドラッグして使用
> できるのでしょうか。確認試験でV3とV2
> の計算結果の相違を確認をしたいので。

出来たとしてもV2でのデータをV3で計算しなおしてしまいますので、V3とV2の比較にならないと思います。V2で計算したものとで比較してください。