いつもお世話になっています。
ご存じかも知れませんが、病院の医療機関コードは以下の地方厚生局及び地方厚生支局のＨＰで検索可能です。
北海道厚生局、東北厚生局、関東信越厚生局、東海北陸厚生局、近畿厚生局、中国四国厚生局、四国厚生支局、九州厚生局
各局の「所管法人等一覧」→「管内の保険医療機関・保険薬局の指定一覧」のpdfファイルの中にあります。
面倒でも最初に一気に入力しておくと便利かも知れません。