「ＲＰＰＣＡＬ」はバージョン２です。消しても問題ありません。
もちろん「ＲＰＰＣＡＬｖ３」の方も消してから、バージョンアップ版のセットアップをしてください。

なお、万一に備えて、必ずデータのバックアップは取って置いてください。