ＦＬＡＴさん、ご指摘ありがとうございます。
優さん、ご心配をおかけします。

検証しましたが、各個人のデータをＲＰＰＭＡＮで読み込みなおしてしまわなければ問題はないようです。
読み込みなおしてしまった場合は、変更の保存をしなければ大丈夫です。
旧薬価のものに変更してしまった場合は、新薬価のものに変更してください。

６月のデータで６月末に経過措置が切れる薬品を含む処方が混じっていた場合、７月２日版の「電子レセプト」で読み込みますと「医薬品マスターにありません」と警告が出ますが、６月分の請求には問題ないと思います。