ＫＭさんバージョン２は普通に（インストールするディレクトリーをC:\Programfile\RPPCALに）インストールされているのですね？
念のため古いバージョン２をバックアップしてから、もう一度新しくインストールしたバージョン３をアンインストールして、再度インストールし直してはいかがでしょうか？