無知  さん、こんばんは。

私は、同じ剤はまとめて入力していますので何のことか判らなかったのですが、例に挙げられた処方を色々変えて入力してみて判りました。

多分「電子レセ」で同じ剤の処方をまとめる際のバグです。
後発薬品の点数は調剤料が発生していないと取れないので、後発薬品が使用してある剤を優先しているはずなのですが、まとめる時にうまく作動していないようです。

自家製剤加算については再現していないので何とも言えませんが、類似の処理ミスがあるのかもしれません。
ソフトハウスに連絡します。