特別な方法はありません。

普通に有効な薬品を選択し、上書き保存すればＯＫです。

それでも、警告が出るのでしたら、他にも経過措置が切れた薬品を使用している患者さんがいるのではないでしょうか？
「Ｄｏ処方」で旧の薬品（コード）を引っ張ってきていると、そのままになっている可能性があります。