ヨッシーさん、こんばんは。
うちにはＶｉｓｔａは無いので、具体的ではないのですが、
ＨＩＴＯＭＩ さんの書き込みにあるように、

http://www.boyoyon.com/~rppman/docs/20080629133539.html

別ホルダーを作って、インストール先をそちらに指定すると問題ないようです。

間もなく提供されるバージョン３のテスト版では、Ｖｉｓｔａ対策のため「マイドキュメント」の下に「ＲＰＰＣＡＬ」ホルダーを作るようになっています。