金魚さん、いつもお世話になっています。

  >プリンター登録に付いてですが、現在の仕様では、いきなり印字画面にとび、戻すと
　>処方画面まで戻ります。
　>印字させる紙面の大きさによりプリンターを複数使用しているのですが、今までの
　>外部起動の場合は簡単に設定出来ていたのですが、現在の内蔵仕様では何処かで設定
　>出来るのでしょうか？

私も最初は面食らいましたが・・

最初のメニュー画面にある「薬袋印刷」ボタン　→　「環境設定」　→　「プリンター設定」

で、とりあえず使用設定が保存できるようです。