KM  さん、こんばんは。

「後発品調剤体制加算」をＯＮ・ＯＦＦするのはメニュー画面下方の[後発品調剤体制加算設定]ボタンを押して、表示された表の有効欄の[レ]をはずすことで取らなくすることは出来ますが、この場合４点増減しますから、原因はそこではないと思います。

RPPCAL.exeが２０年４月改訂版以前のバージョンになっている可能性が高いです。
バージョンはいくつになっていますか？
ご確認下さい。