FLAT さん、こんにちは。

基金や国保連合会に提出するデータは様式が決まっていますので、本来は同じサイズになるはずです。
バージョン３が第２公費に対応していたりで、データの埋め方に多少の違いはあるかもしれませんので、全く同じではないと思いますが、１．５倍というのは、ちょっと想像がつきません。

ファイルの中を見ることが出来るのでしたら、比較してみて違いをお知らせ下さい。