１）リウマトレックスカプセル2mg   2Cap　5日分
　 1日2回朝夕食後　
２）リウマトレックスカプセル2mg   1Cap　5日分
  　1日1回朝食後　

上記で、試してみましたが、
DOS版、WIN版共に、１）・２）共、「調剤料」5点/日で計算され、同じ計算結果になります。
「12時間毎3回投与、5日休薬の処方は」まだ来たことがないので、自信がありませんが、この処方どおりに入力するとすれば、服用時点が違うので、これはこれでいいのではないでしょうか？