マニュアルコーナーにある、バージョンアップ用のマニュアルをご覧になってください。

バックアップするファイルは　recept.mdb　と　RPPCFG.txt　ですが、これはバージョンアップ時にトラブルが起きてデータが壊れてしまったといった状況になった際の保険です。
バージョンアップするときに、前のバージョンを削除するようになっていますが、データは削除されませんので、通常はバージョンアップが完了した時点でアイコンをクリック、でデータはそのまま新バージョンになっています。