自立支援医療＋生活保護（名古屋市の場合）ですが、
保健所、基金に問い合わせて分かったことを報告します。

1）自立支援医療単独の場合（例：精神）
10割、自立支援医療が負担するので、
公費1に21〜（精神）始まる番号を記入。
生保の番号があっても、公費2には何も記入しないとのことでした。
これまでは併用でした。

2）自立支援医療（例：精神）＋生活保護（例：内科）の場合
公費1に21〜（精神）始まる番号を、公費2に12〜（生保）から始まる番号を記入。
受付回数はそれぞれに関わる回数を記入。
処方は自立支援医療に関わるものにはアンダーラインを引き、
右端の公費分点数に記入する。
請求点は公1には自立支援医療に関わる点数を、
公2には全体から自立支援医療に関わる点数を引いたもの（生活保護分）を記入する。
これはこれまで通りのようです。しかし、かなり手書きしなくてはいけません。

とのことでした。
このため処方を入力するには
1）自立支援医療単独、2）自立支援医療+生活保護用などと
患者番号を分けておかなくてはいけないのかもしれません。
イロイロとややこしいです。

保険上のことで、あまりRPPMANとは関係ありませんが、
少しでもお役に立てれば幸いです。