香川さん試しにやってみたところ一応できるようです。

まずフォルダごとバックアップを取って下さい（＾＾；
ＳｙｓｔｅｍメニューからＤＡＴＡボタンを押してデータメンテナンスの画面に入ります。
ＴａｂｌｅＮａｍｅのプルダウンメニューからＺＡＩＭＡＳを選ぶと編集画面になります。
zaikeiのところを見ながら下にスクロールしていくと、ID241のところで１日３回とあり、
その下に1日3回時の服用の仕方が並んでいます。
ID251が一番下で「昼夕食後寝る前」になっていると思います。
一段下のID252に「.」となっているのを「起床時昼夕食後」に書き換えます。
bun_1、bun_2…の「(Null)」を一段上の値と同じに書き換えます。
一番右のkaisi_posのところだけは「047」に書き換えます。
下の更新ボタンを押して更新します。
メニューを閉じます。

これで処方箋入力画面で１日３回の時のプルダウンメニューの一番下に
「起床時昼夕食後」が追加されます。
計算も正常、LPTMANでも正常に印字されるようです。

(Null)となっているところには追加ができるようです。
最初から入っている物も変えられそうですが、変えてしまうと過去との整合性が
無くなってしまうので止めた方が無難でしょう。

これでいいと思うのですが、もし間違っていましたらどなたかご指摘下さい。
長文失礼いたしました。