>　やはり被保険者番号は「記号・番号」欄の「番号」欄に入力するのが正しいのかもしれませんが、>　そうすると「まる福」のチェックボックスが有効になるようにしていただかなければなりません

これは記号・番号のところでないと、レセプト印刷で問題が出ますよ
記入した番号が「記号・番号」欄のところに印刷されませんから

「まる福」のチェックボックスは取りあえずなら「．」か「！」を「まる福」
の左の老人番号に入れれば何とかなるのではと思いますが。
どうでしょうか。