なかの薬局さん、こんにちは優です。
私もLPTMAN　Ver6.06を使用し、エプソンのESPER LASER
LP-2400で印刷しましが、なかの薬局さんのようなズレ
は全くなくきれいに印刷が出来ました。

プリンターの設定を一度工場出荷状態にして印刷された
らどうでしょうか。
私は、いつもレセプトの印刷は、必ずエプソンリモート
で工場出荷状態にして印刷しています。
過去にそのような経験をしてからそのようにしています。
それで私の場合、回避出来ましたが。